Обе конструкции передают предположение; в «должно быть» запятыми обозначаются только внешние границы.
Шаг 1. Уточним, что требуется найти
Герой по тишине и времени предполагает, что уже поздно и петухи давно спели. Найдём слова, которые не входят в основное сообщение, и проверим все отмеченные позиции. Знаки вне пронумерованных мест сохраняем.
Шаг 2. Определим роль слов и конструкций
1. Предположение о времени суток
«наверно». Слово выражает оценку вероятности: герой предполагает, что поздно. Оно вводное между «уже» и «поздно»; ставим (1), (2).
2. Предположение о прошедшем событии
«должно быть». Здесь сочетание можно заменить на «вероятно»: петухи, вероятно, уже спели. Выделяем его на местах (3), (5); между частями сочетания на месте (4) запятой нет.
Шаг 3. Проверим каждую цифру
(1) — ставим запятую
…Какая тишь! Уже (1) наверно поздно. Давно должно быть…
Здесь выделяем вводную конструкцию: «наверно». Основание: предположение о времени суток.
(2) — ставим запятую
…Какая тишь! Уже наверно (2) поздно. Давно должно быть спели…
Здесь выделяем вводную конструкцию: «наверно». Основание: предположение о времени суток.
(3) — ставим запятую
…тишь! Уже наверно поздно. Давно (3) должно быть спели петухи… А…
Здесь выделяем вводную конструкцию: «должно быть». Основание: предположение о прошедшем событии.
(4) — без запятой
…Уже наверно поздно. Давно должно (4) быть спели петухи… А даль…
Позиция находится внутри цельного вводного сочетания «должно быть». Между его частями запятую не ставим.
(5) — ставим запятую
…наверно поздно. Давно должно быть (5) спели петухи… А даль чиста.…
Здесь выделяем вводную конструкцию: «должно быть». Основание: предположение о прошедшем событии.
Текст с запятыми на указанных местах
Какая тишь! Уже, наверно, поздно.
Давно, должно быть, спели петухи…
А даль чиста. А небо звёздно-звёздно.
И вкруг луны – зелёные круги.
(П. Шубин)
Шаг 4. Запишем ответ
Запятые нужны на местах (1), (2), (3), (5). Позиции (4) исключаем по разобранным связям слов. Записываем цифры подряд без повторов и разделителей: 1235.
Ответ:1235
ФИПИ: навигатор по пунктуации