Здесь «если» сопоставляет прошлое и настоящее, а не вводит обычное предположение. Но сочетание с последующим «то» так же влияет на стык после «и».
Шаг 1. Найдём грамматические основы и части предложения
Основные части: «голоса доносились» и «он начал выделять». Вторая построена на сопоставлении «если раньше щенок слышал ..., то сейчас ...». «Слова и оттенки» — однородные дополнения.
Шаг 2. Проверим каждую цифру
(1) — ставим запятую
…Негромкие голоса доносились отчётливо (1) и если раньше щенок слышал…
Сообщение «голоса доносились отчётливо» отделяем от второй основной части, присоединённой союзом «и».
(2) — без запятой
…Негромкие голоса доносились отчётливо и (2) если раньше щенок слышал в…
Сопоставление оформлено связкой «если раньше ..., то сейчас ...». Из-за «то» между «и» и «если» запятая не ставится.
(3) — ставим запятую
…человеческой речи только яркие интонации (3) то сейчас он начал выделять…
Здесь заканчивается сообщение о прежнем восприятии щенка. Перед второй половиной сопоставления «то сейчас» ставим запятую.
(4) — без запятой
…он начал выделять отдельные слова (4) и оттенки чувств.…
Щенок начал выделять «слова и оттенки чувств». Это однородные дополнения при одном сказуемом, соединённые одиночным «и» без запятой.
Текст с запятыми на указанных местах
Негромкие голоса доносились отчётливо, и если раньше щенок слышал в человеческой речи только яркие интонации, то сейчас он начал выделять отдельные слова и оттенки чувств.
Шаг 3. Запишем ответ
Запятые нужны на местах (1), (3). Места (2), (4) оставляем без запятых по разобранным связям. Записываем цифры подряд без повторов и разделителей: 13.
Ответ:13
ФИПИ: навигатор по пунктуации