Сохраним готовую точку с запятой. В каждой части отдельно найдём содержание «знал», а во второй проверим одиночный «и» между двумя придаточными с «что».
Шаг 1. Найдём грамматические основы и части предложения
Пьер «знал» дважды; эти основные сообщения уже разделены точкой с запятой. Первое содержит «он не виноват» и причину «нельзя было приехать». Второе — однородные придаточные «взрыв неприличен» и «это пройдёт».
Шаг 2. Проверим каждую цифру
(1) — ставим запятую
…Пьер знал (1) что он не виноват потому…
Первое «что» вводит содержание знания Пьера: он не виноват. После «знал» нужна запятая.
(2) — ставим запятую
…знал что он не виноват (2) потому что ему нельзя было…
«Потому что ему нельзя было приехать раньше» объясняет отсутствие вины. Запятая ставится перед всем союзом причины.
(3) — ставим запятую
…нельзя было приехать раньше; знал (3) что этот взрыв с её…
После повторного «знал» начинается новый блок содержания с «что». Перед первым из однородных придаточных нужна запятая.
(4) — без запятой
…взрыв с её стороны неприличен (4) и что через две минуты…
«Что этот взрыв ... неприличен» и «что ... это пройдёт» относятся к одному второму «знал». Они соединены одиночным «и»: запятой нет ни перед ним, ни между «и» и «что».
(5) — без запятой
…с её стороны неприличен и (5) что через две минуты это…
«Что этот взрыв ... неприличен» и «что ... это пройдёт» относятся к одному второму «знал». Они соединены одиночным «и»: запятой нет ни перед ним, ни между «и» и «что».
Текст с запятыми на указанных местах
Пьер знал, что он не виноват, потому что ему нельзя было приехать раньше; знал, что этот взрыв с её стороны неприличен и что через две минуты это пройдёт.
(По Л.Н. Толстому)
Шаг 3. Запишем ответ
Запятые нужны на местах (1), (2), (3). Места (4), (5) оставляем без запятых по разобранным связям. Записываем цифры подряд без повторов и разделителей: 123.
Ответ:123
ФИПИ: навигатор по пунктуации