Союз «а» противопоставляет два этапа: разлив и спад воды. Сочетание «когда ... то» не разделяем после «а», а в конце выделяем характеристику протока.
Шаг 1. Найдём грамматические основы и части предложения
Основные части: «рыба заходила» и «мещеряки перегораживали». Вторая включает время «вода начинала убывать» с продолжением «то». «Которым соединялось озеро» поясняет проток.
Шаг 2. Проверим каждую цифру
(1) — ставим запятую
…в озеро из реки Белой (1) а когда вода начинала убывать…
Сообщения о заходе рыбы и действиях мещеряков соединены противительным «а». Перед ним ставим запятую.
(2) — без запятой
…озеро из реки Белой а (2) когда вода начинала убывать то…
За придаточным «когда вода начинала убывать» следует «то мещеряки ...». Поэтому между «а» и «когда» запятой нет.
(3) — ставим запятую
…а когда вода начинала убывать (3) то мещеряки перегораживали плетнём узкий…
Здесь заканчивается придаточное времени. Перед «то мещеряки перегораживали» нужна запятая.
(4) — ставим запятую
…плетнём узкий и неглубокий проток (4) которым соединялось озеро с рекою.…
«Которым соединялось озеро с рекою» поясняет «проток»: озеро соединялось с рекой этим протоком. Перед всем придаточным ставим запятую.
Текст с запятыми на указанных местах
В половодье рыба заходила в озеро из реки Белой, а когда вода начинала убывать, то мещеряки перегораживали плетнём узкий и неглубокий проток, которым соединялось озеро с рекою.
Шаг 3. Запишем ответ
Запятые нужны на местах (1), (3), (4). Места (2) оставляем без запятых по разобранным связям. Записываем цифры подряд без повторов и разделителей: 134.
Ответ:134
ФИПИ: навигатор по пунктуации