Конструкция «так велика, что...» выражает степень и результат. Союз «хотя» далее присоединяет уступку к сообщению о городской застройке.
Шаг 1. Найдём грамматические основы и части предложения
Главная основа — «дисциплина была велика». В придаточном результата «ни одно здание не строилось»; последнее придаточное уступки сообщает: «здания были».
Шаг 2. Проверим каждую цифру
(1) — ставим запятую
…в Новгороде была так велика (1) что в течение девятисот лет…
Перед «что» начинается придаточное: дисциплина была так велика, что здания не строились выше собора. Ставим запятую на границе частей.
(2) — без запятой
…Новгороде была так велика что (2) в течение девятисот лет ни…
«В течение девятисот лет» — обстоятельство внутри придаточного после союза «что». Сам союз от продолжения части не отделяем.
(3) — ставим запятую
…города – собора святой Софии (3) хотя вне пределов города были…
«Хотя вне пределов города были здания и выше, и больше» — придаточное уступки. Перед союзом «хотя» нужна запятая.
(4) — без запятой
…– собора святой Софии хотя (4) вне пределов города были здания…
После «хотя» продолжается та же придаточная часть с обстоятельством «вне пределов города». Дополнительной границы здесь нет.
Текст с запятыми на указанных местах
Градостроительная дисциплина в Новгороде была так велика, что в течение девятисот лет ни одно здание в городе не строилось выше и больше центрального палладиума города – собора святой Софии, хотя вне пределов города были здания и выше, и больше.
Шаг 3. Запишем ответ
Запятые нужны на местах (1), (3). Места (2), (4) оставляем без запятых по разобранным связям. Записываем цифры подряд без повторов и разделителей: 13.
Ответ:13
ФИПИ: навигатор по пунктуации