Ответ: обоих.
Требуемая форма: предложный падеж числительного «оба».
1. Определяем форму по предложению
Существительное «берег» мужского рода, поэтому используется числительное «оба». Форма «на берегах» задаёт предложный падеж: на скольких берегах?
2. Образуем нормативную форму
У «оба» в косвенных падежах основа обо-. Предложный падеж имеет форму «обоих»: город расположен на обоих берегах.
3. Проверяем возможную ошибку
Не используйте «обеих»: эта форма относится к существительным женского рода. Род определяем по слову «берег», а не по слову «Нева».
Санкт-Петербург расположен на обоих берегах Невы.
Разбор подготовлен редакцией «Сдам ГИА». Ответ сверен с проверкой открытого банка ФИПИ.